Pada awal berdirinya Puskesmas Kecamatan Pesanggrahan berlokasi di Jl. Wijaya Kusuma No.1 bergabung dengan Puskesmas Kel. Pesanggrahan. Kemudian pada Tahun 2002 - Maret 2015 Puskesmas Kecamatan Pesanggrahan menempati gedung baru yang berlokasi di Jl. Cenek I No.1 Kec. Pesanggrahan. Kemudian sejak April 2015 - Juli 2017 Puskesmas Kecamatan Pesanggrahan bergabung dengan Puskesmas Kelurahan Bintaro dikarenakan Gedung Puskesmas akan dipergunakan sebagai Gedung RSUD Pesanggrahan.
Sejak 1 Agustus 2017 hingga sekarang Puskesmas Kecamatan Pesanggrahan sudah menempati Gedung baru yang berlokasi di Jl. Palem VIII RT.001/008 No.1 Kel. Petukangan Utara, Kecamatan Pesanggrahan.
Sejak awal berdiri Puskesmas Kec Pesanggrahan dipimpin oleh :
1. Hj Sri Wartirini : Tahun 1990 - 1997
2. Hj Indrawati Hadi : Tahun 1998 - 2000
3. Hj Henny F Fachrudin : Tahun 2001 - 2006
4. Ni Putu Sunadi : Tahun 2006 - 2011
5. Henni Bariah : Tahun 2011 - 2012
6. Endah Kartika Dewi : Tahun 2012 - 2014
7. Anang Kuncoro Adi, M. Kes : Tahun 2015 - 2018
8. Etrina Eriawati, M.Epid : Tahun 2019 - Sekarang