Pada awal berdirinya Puskesmas Kecamatan Pesanggrahan berlokasi di Jl. Wijaya Kusuma No.1 bergabung dengan Puskesmas Kel. Pesanggrahan. Kemudian pada Tahun 2002 - Maret 2015 Puskesmas Kecamatan Pesanggrahan menempati gedung baru yang berlokasi di Jl. Cenek I No.1 Kec. Pesanggrahan. Kemudian sejak April 2015 - Juli 2017 Puskesmas Kecamatan Pesanggrahan bergabung dengan Puskesmas Kelurahan Bintaro dikarenakan Gedung Puskesmas akan dipergunakan sebagai Gedung RSUD Pesanggrahan.
Sejak 1 Agustus 2017 hingga sekarang Puskesmas Kecamatan Pesanggrahan sudah menempati Gedung baru yang berlokasi di Jl. Palem VIII RT.001/008 No.1 Kel. Petukangan Utara, Kecamatan Pesanggrahan.